Sebelum dunia mengenalnya sebagai Professor X, ia adalah Charles Xavier (James McAvoy) dan sebelum dunia mengenalnya dengan nama Magneto, ia adalah Erik Lehnsherr (Michael Fassbender). Mereka adalah dua sahabat namun perbedaan prinsip membuat mereka berdua menjadi musuh besar.

Charles dan Erik adalah dua sahabat yang sama-sama memiliki kekuatan lebih. Mereka adalah mutant. Meski berbeda dengan kebanyakan orang namun Charles dan Erik tak takut untuk mengeksplorasi kekuatan mereka. Bukan hanya itu, Charles dan Erik pun kemudian mengumpulkan orang-orang yang senasib dengan mereka.

Saat tiba-tiba muncul ancaman besar bagi kelangsungan hidup umat manusia, Charles, Erik dan para mutant yang lain lantas bersatu mengerahkan segala kekuatan untuk melindungi umat manusia. Sayangnya, dalam pelaksanaannya, Charles dan Erik mulai berbeda pendapat. Perbedaan ini kemudian berubah menjadi permusuhan yang memecah kelompok mutant ini menjadi dua kubu yang saling berperang.